Als je Leeuwarden binnenrijd volg je de borden richting centrum. Er zijn twee handige parkeermogelijkheden: parkeergarage Hoeksterend of parkeerkelder Oldehove. Hier kunt u onbeperkt parkeren tegen gunstige tarieven.

De route naar de parkeergarages wordt aangegeven met speciale borden van het P-route informatiesysteem. Daarop wordt aangegeven hoeveel plaatsen er op dat moment beschikbaar zijn. Beide parkeervoorzieningen zijn op vijf minuten lopen van het museum gevestigd. Het dagtarief is maximaal € 8,80 (Oldehove) of € 6,- (Hoeksterend). Het Natuurmuseum Fryslân ligt tussen beide parkeerplaatsen in.

Aan de voorzijde van het museum zijn slechts enkele parkeerplaatsen beschikbaar. De tarieven zijn flink hoger dan in de parkeergarages en de maximale parkeertijd is twee uur. Er zijn twee plaatsen gereserveerd voor mindervaliden. Ook voor deze plaatsen moet betaald worden.